Ja die Links werden durch Script-Aufrufe mit ID ersetzt. Die IDs stehen in der MySQL-DB. Beim einem Klick auf den Link erfolgt die Zählung um Umleitung auf das eigentliche Ziel.
Für die Zählung der Öffnungen wird ein Zählpixel verwendet bzw. man kann auch ein eigenes Bild wählen, dass jedoch auf einem Webserver liegen muss. Wird das Bild geladen, dann erfolgt die Zählung.
Mit Spam-Filtern sollte es keine Probleme geben, wobei Links im HTML-Teil immer hinter Text liegen müssen, d.h. man darf einen Link in der Form
http://www.supermailer.de nicht tracken lassen, weil solche Links als Phishing-Versuch gewertet werden.